L'estrema ricchezza di varietà vegetali presenti in Val Borbera, è dovuta principalmente alle marcate variazioni di quota, di esposizione e del tipo di suolo. Questa condizione crea ambienti diversi: boschi, praterie montane, rupi calcaree e vegetazione riparia lungo il torrente Borbera.
La vegetazione dominante è senza dubbio quella boschiva, infatti la maggior parte della valle è ricoperta da forestazione tipica dell'Appennino. Alle quote più elevate troviamo il Faggio (Fagus sylvatica), nell'area intermedia è estremamente diffuso il Castagno (Castanea sativa), il Rovere e rovella (Quercus spp.), il Carpino nero (Ostrya carpinifolia), il Nocciolo (Corylus avellana); l'Ontano e l'Olmo si trovano invece nelle zone più umide.
Lungo i crinali e nelle radure si trovano praterie aride e pascoli ricchi di fiori, spesso con una moltitudine di orchidee spontanee. Tra le piante tipiche troviamo: il Bromus erectus (graminacea dei prati aridi) e la Cerinthe minor subsp. auriculata.
La valle è famosa per alcune piante rare o protette: il Sedum monregalense (specie endemica di ambienti rocciosi), il Bupleurum ranunculoides (specie circumboreale, rara nell’Appennino), il Vaccinium gaultherioides (falso mirtillo), il Lilium martagon (giglio martagone), il Lilium bulbiferum (giglio di San Giovanni), l'Epipactis microphylla (orchidea rara).
Altre specie segnalate nelle aree protette: Tulipa australis, Corallorhiza trifida (orchidea), Aremonia agrimonoides.
Nelle zone come le “Strette del Borbera” la flora cambia ancora, qui troviamo i Salici arbustivi (Salix purpurea, Salix daphnoides), l'Issopo (Hyssopus officinalis, la Centaurea aplolepa (endemica appenninica), la Fritillaria tenella.
Oltre alla flora spontanea, nella valle sono presenti colture tipiche come la “fagiolana della Val Borbera”, un grande fagiolo bianco locale.
Segnaliamo ancora la Cerinthe minor subspecie auriculata, è una boraginacea endemica dell'Italia appenninica e delle Alpi francesi, facile da trovare in queste aree. Così come il Vaccinium gaultherioides o uliginosum, comunemente chiamato "falso mirtillo".
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Sedum monregalense: pianta succulenta delle rupi calcaree. Endemica delle Alpi Liguri e dell’Appennino piemontese-ligure. Vive in fessure rocciose molto aride e soleggiate. Fiorisce tra giugno e luglio con piccoli fiori gialli. È una delle specie botanicamente più caratteristiche delle rupi della valle.
Fritillaria tenella: piccola fritillaria con fiori violacei penduli; È una specie rara e localizzata in Italia settentrionale. Cresce in prati aridi e pendii sassosi calcarei. Fioritura primaverile (aprile-maggio), è una indicatrice di prati naturali ben conservati.
Tulipa australis, tulipano spontaneo europeo; presente in prati montani e pascoli magri. Fioritura gialla brillante in aprile-maggio è protetto in varie regioni perché raro e sensibile al disturbo.
Corallorhiza trifida, è una orchidea senza clorofilla (vive grazie a funghi del suolo). Molto rara nell’Appennino, è presente in boschi freschi di faggio e conifere. Viene considerata specie di grande interesse botanico.
Epipactis microphylla, è una orchidea forestale poco appariscente: cresce nei boschi calcarei ombrosi ed è molto sensibile alla trasformazione dei boschi.
Lilium martagon o giglio selvatico con fiori rosa-porpora ricurvi. Vive nelle faggete e radure montane ed è protetto in molte regioni italiane.
Lilium bulbiferum è un giglio arancione molto vistoso, presente in prati e radure montane soleggiate. Spesso raccolto in passato, oggi è specie protetta.
Vaccinium gaultherioides o uliginosum, comunemente chiamato "falso mirtillo", è una specie circumboreale tipica dei pascoli, dei cespuglieti e delle brughiuete subaltipe, più comune nelle Alpi poiché predilige quote elevate.
⚠️Non è velenoso, ma può essere causa di intossicazione se mangiato in grandi quantità, per la presenza di un fungo microscopico capace di svilupparsi sulle bacche.